არაბების შემოსევის დროს დანგრეული და მიტოვებული ეკლესია IX საუკუნის I ათეულ წლებში გრიგოლ ხანძთელის მოწაფემ საბა იშხნელმა განაახლა. X საუკუნეში იგი კვლავ საფუძვლიანად აღადგინეს, მაგრამ საბოლოო სახე ტაძარმა 1032 ბაგრატ IV-ის მეფობის დროს, ხუროთმოძღვარ ივანე მორჩაისძის ხელში მიიღო. იშხნის თავდაპირველი, ნერსესისეული, ტაძრისაგან გადარჩა მხოლოდ საკურთხევლის ნახევარწრიული აფსიდა სვეტებზე თაღების მწკრივით. ძველი აფსიდა გარედან მთლიანად დაფარულია ახალი კედლებით. 2011 წ. ქართულმა ექსპედიციამ გამოავლინა მანამდე უცნობი ასომთავრული წარწერა, რომელშიც მოხსენიებულია ვინმე „თრდატის ძე“, შესაძლოა ტაძრის ერთ-ერთი ხუროთმოძღვარი. წლების განმავლობაში ტაძარი გამოიყენებოდა მეჩეთად.
საქართველოსა და თურქეთის მთავრობების შეთანხმების თანახმად, იშხნისა რესტავრაცია ქართული მხარის მიერ უნდა დაწყებულიყო, მაგრამ სამწუხაროდ მას დღეს სარესტავრაციო სამუშაოებს თურქები უტარებენ.
